昭和２４年３月、前身である任意団体「全国主要食糧集荷業者連合会」が発足しました。

昭和２８年６月に、米穀をはじめ主要食糧の集荷・保管等を業とする「中小企業等協同組合法」に基づく連合会として「全国主食集荷協同組合連合会」(略称：全集連）に改組し、現在に至っています。

昭和４４年７月には、農林大臣から「食糧管理法」に基づく指定法人の指定を受け、自主流通制度の円滑な運営及び自主流通米数量の拡大に寄与してきました。

平成７年１１月、「主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律（食糧法）」に基づき、農林水産大臣から新たに自主流通法人の指定を受け、新たな計画流通制度の下、 国民食糧の安定供給を目的とし、自主流通米の広域的かつ安定的流通の一翼を担いました。

平成１６年４月以降、計画流通制度及び関連制度（自主流通法人の指定、業者登録制、農産物検査の受検義務等）の廃止後の新たな米穀流通制度の下、米穀の出荷・販売を業とする届出事業者として、米穀の集荷・販売を通じ国民食糧の安定供給の確保に引き続き努めています。

また、平成１３年から始められた国による農産物検査の廃止に伴う民営検査制度への移行と適正な民営検査の充実を図るため、平成１８年２月に全集連グループの登録検査機関、都道府県協同組合及び全集連を構成員とする「全国検査流通連絡協議会」を結成し、検査・鑑定技術の向上や検査・流通全般の問題に取り組んでいます。